NGS揭示EGFR基因突变的原发耐药机制

目前，携带EGFR敏感突变的晚期非小细胞肺Ca(NSCLC)患者一线治疗标准首选EGFR-TKIs，包括一代、二代、三代EGFR TKIs。既往的多项临床研究显示一代EGFR-TKI针对EGFR L858R和19Del的ORR约为70%-80%，中位PFS约为10个月，均优于传统含铂双药化疗。然而，在实际的临床实践中仍有约10-20%携带EGFR敏感突变的NSCLC患者对EGFR-TKIs治疗响应较差。越来越多的证据表明，EGFR敏感突变患者的基因异质性可能影响EGFR-TKIs治疗的临床疗效及患者预后。

该研究共纳入69例晚期NSCLC患者，均携带EGFR敏感突变且使用了一代EGFR-TKIs进行治疗，预后信息完整。借助世和基因416 panel对患者的FFPE样本和外周血cfDNA样本进行检测，在FFPE样本中共检测到200个actionable变异，而在血浆cfDNA中共检测到140个actionable变异。在该群患者中，除了EGFR敏感突变之外，还涉及到其他33个共存基因变异，其中频率最高的是TP53突变，其次是少见／罕见EGFR突变、EGFR扩增，RB1突变等（图1）。

图1. 69例患者FFPE样本和配对血浆cfDNA样本的突变图谱

该69例患者的FFPE样本和血浆cfDNA样本中EGFR敏感突变的一致性为87%，cfDNA检测的敏感性和特异性分别为88.2%和100%，这也再次证实了血浆样本是组织突变检测的有效补充。研究者进一步对除EGFR敏感突变外其他不同突变类型在cfDNA与组织DNA中的一致性进行了对比分析，发现错义突变的一致性为65.5%；基因融合变异一致性为66.7%；无义突变一致性为75%；移码突变和剪切突变一致性均为50%。但是CNV变异更多的在FFPE样本中检出，和cfDNA一致性仅为27.5%；有意思的是对于EGFR扩增，组织样本和cfDNA样本的一致性为57.1%，远高于其他基因的拷贝数变异（图2）。

图2. FFPE样本和配对血浆cfDNA样本基因突变一致性分析

为了探究EGFR-TKIs原发耐药的机制，该研究进一步比较了使用一代EGFR-TKIs治疗Short PFS（< 6 months, n=15）和Long PFS（>12 months, n=17）两组患者治疗前组织基因突变图谱的差异，。在15个Short PFS患者中，潜在的原发耐药机制有PIK3CA 突变 (n=3); AKT1 基因扩增 (n=2); HGF 基因扩增(n=1); NRAS 突变 (n=1)；其他7个患者携带有其他一些具体意义未知的变异也可能与EGFR-TKIs的原发耐药机制相关（图3）。

图3. Short PFS组和Long PFS组患者体细胞基因突变差异

研究者进一步将两组患者的基因突变在KEGG数据库中进行信号通路的富集分析，仅Short PFS组患者涉及到的信号通路异常包括：

（1）免疫相关的信号通路：Toll样受体信号通路，T细胞受体信号通路；

（2）EMT相关信号通路：TGF-β信号通路;

（3）EGFR下游信号通路：PIK3CA / AKT / mTOR信号通路；

（4）细胞功能相关途径：错配修复信号通路，AMPK信号通路，TNF信号通路，Notch信号通路和肿瘤中的转录失调信号通路。

这些结果表明EGFR-TKIs原发耐药机制存在高度的异质性，异常复杂，需要更多的功能研究进一步探索。

图4. 两组患者基因突变相关信号通路分析比较